コンフィグが保存されたSDカードをZEQUO本体に挿した状態で、ZEQUO本体に保存されたコンフィグを読み込み起動することは可能ですか。

可能です。ZEQUO本体の初期設定は、SDカードに保存された「sd_config.cfg」を最優先で読み込む起動設定になっております。
ZEQUO本体に保存されたコンフィグを読み込みたい場合は、下記のいずれかの方法を実施してからZEQUO本体を起動してください。
・ZEQUO本体の起動設定において、ZEQUO本体に保存されたコンフィグを最優先で読み込む設定に変更する
・SDカードのコンフィグを「sd_config.cfg」以外にリネームする
・SDカードをZEQUO本体から外す